沙俄政府在雅克薩失敗以后，并不甘心，就在尼布楚條約簽訂的第二年，又唆使準(zhǔn)噶爾部（蒙古族的一支）的首領(lǐng)噶爾丹進(jìn)攻漠北蒙古。

　　那時(shí)候，蒙古族分為漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古三個(gè)部分。除了漠南蒙古早已歸屬清朝外，其他兩部也都臣服了清朝。準(zhǔn)噶爾是漠西蒙古的一支，本來(lái)在伊犁一帶過(guò)游牧生活。自從噶爾丹統(tǒng)治準(zhǔn)噶爾部以后，他野心勃勃，先兼并了漠西蒙古的其他部落，又向東進(jìn)攻漠北蒙古。漠北蒙古抵抗一陳失敗了，幾十萬(wàn)的漠北蒙古人逃到漠南，請(qǐng)求清朝政府保護(hù)。康熙帝派使者到噶爾丹那里，叫他把侵占的地方還給漠北蒙古。噶爾丹自以為有沙俄?yè)窝�，十分驕橫，不但不肯退兵，還以追擊漠北蒙古為名，大舉進(jìn)犯漠南。

　　康熙帝召集大臣宣布他決定親征噶爾丹。他認(rèn)為噶爾丹氣勢(shì)洶洶，野心不小，既然打進(jìn)來(lái)，非反擊不可。公元1690年，康熙帝分兵兩路：左路由撫遠(yuǎn)大將軍福全率領(lǐng)，出古北口；右路由安北大將軍常寧率領(lǐng)，出喜峰口，康熙帝親自帶兵在后面指揮。

　　右路清軍先接觸噶爾丹軍，打了敗仗。噶爾丹長(zhǎng)驅(qū)直入，一直打到離開(kāi)北京只有七百里的烏蘭布通（今內(nèi)蒙古昭烏達(dá)盟克什克騰旗）。噶爾丹得意揚(yáng)揚(yáng)，還派使者向清軍要求交出他們的仇人。

　　康熙帝命令福全反擊。噶爾丹把幾萬(wàn)騎兵集中在大紅山下，后面有樹(shù)林掩護(hù)，前面又有河流阻擋。他把上萬(wàn)只駱駝，縛住四腳躺在地上，駝背上加上箱子，用濕氈毯裹住，擺成長(zhǎng)長(zhǎng)的一個(gè)駝城。叛軍就在那箱垛中間射箭放槍?zhuān)�阻止清軍進(jìn)攻。

　　清軍用火炮火槍對(duì)準(zhǔn)駝城的一段集中轟擊，炮聲隆隆，響得震天動(dòng)地。駝城被打開(kāi)了缺口。清軍的步兵騎兵一起沖殺過(guò)去，福全又派兵繞出山后夾擊，把叛軍殺得七零八落，紛紛丟了營(yíng)寨逃走。

　　噶爾丹一看形勢(shì)不利，趕快派個(gè)喇嘛到清營(yíng)求和。福全一面停止追擊，一面派人向康熙帝請(qǐng)示。康熙帝下令說(shuō)：“快進(jìn)軍追擊！別中了賊人的詭計(jì)。”果然，噶爾丹求和只是緩兵之計(jì)，等清軍奉命追擊的時(shí)候，噶爾丹已經(jīng)帶了殘兵逃到漠北去了。

　　噶爾丹回到漠北，表面向清朝政府表示屈服，暗地里重新招兵買(mǎi)馬。公元1694年，康熙帝約噶爾丹會(huì)見(jiàn)，訂立盟約。噶爾丹不但不來(lái)，還暗地派人到漠南煽動(dòng)叛亂。他揚(yáng)言他們已經(jīng)向沙俄政府借到鳥(niǎo)槍兵六萬(wàn)，將大舉進(jìn)攻。內(nèi)蒙古各部親王紛紛向康熙帝告發(fā)。

　　公元1696年，康熙帝第二次親征，分三路出擊：黑龍江將軍薩布素從東路進(jìn)兵；大將軍費(fèi)楊古率陜西，甘肅的兵，從西路出兵，截?fù)舾翣柕さ暮舐罚豢滴醯塾H自帶中路軍，從獨(dú)石口出發(fā)。三路大軍約定時(shí)期夾攻。

　　康熙帝的中路軍到了科圖，遇到了敵軍前鋒，但東西兩路還沒(méi)有到達(dá)，這時(shí)候，有人傳說(shuō)沙俄將要出兵幫助噶爾丹。隨行的一些大臣就有點(diǎn)害怕起來(lái)，勸康熙帝班師回北京。康熙帝氣憤地說(shuō)：“我這次出征，沒(méi)有見(jiàn)到叛賊就退兵，怎么向天下人交代；再說(shuō)，我中路一退，叛軍全力對(duì)付西路，西路不是危險(xiǎn)了嗎？”

　　當(dāng)下，康熙帝決定繼續(xù)進(jìn)兵克魯倫河，并且派使者去見(jiàn)噶爾丹，告訴他康熙帝親征的消息。噶爾丹在山頭一望，見(jiàn)到康熙帝黃旗飄揚(yáng)，軍容整齊，連夜拔營(yíng)撤退。

　　康熙帝一面派兵追擊，一面趕快通知西路軍大將費(fèi)揚(yáng)古，要他們?cè)诎肼飞辖負(fù)簟?br />
　　噶爾丹帶兵奔走了五天五夜，到了昭莫多（在今蒙古人民共和國(guó)烏蘭巴托東南）正好遇到費(fèi)揚(yáng)古軍。昭莫多原是一座大樹(shù)林，前面有一個(gè)開(kāi)闊地帶，歷來(lái)是漠北的戰(zhàn)場(chǎng)。費(fèi)揚(yáng)古按照康熙帝的部署，在小山的樹(shù)林茂密地方設(shè)下埋伏，先派先鋒四百人誘戰(zhàn)，邊戰(zhàn)邊退，把叛軍引到預(yù)先埋伏的地方，清軍先下馬步戰(zhàn)，聽(tīng)到號(hào)角聲起，就一躍上馬，占據(jù)了出頂。叛軍向山頂進(jìn)攻，清軍從山頂放箭發(fā)槍?zhuān)�展開(kāi)了一場(chǎng)激戰(zhàn)。費(fèi)揚(yáng)古又派出一支人馬在山下襲擊叛軍輜重，前后夾擊。叛軍死的死，降的降。最后，噶爾丹只帶了幾十名騎兵脫逃。

　　經(jīng)過(guò)兩次大戰(zhàn)，噶爾丹判亂集團(tuán)土崩瓦解，康熙帝要噶爾丹投降，但是噶爾丹繼續(xù)頑抗。隔了一年，康熙帝又帶兵渡過(guò)黃河親征。這時(shí)候，噶爾丹原來(lái)的根據(jù)地伊犁已經(jīng)被他侄兒策妄阿那布坦占領(lǐng)；他的左右親信聽(tīng)說(shuō)清軍來(lái)到，也紛紛投降，愿意做清軍的向?qū)А８翣柕ぷ咄稛o(wú)路，就服毒自殺。

　　打那以后，清政府重新控制了阿爾泰山以東的漠北蒙古，給當(dāng)?shù)孛晒刨F族各種封號(hào)和官職。清政府又在烏里雅蘇臺(tái)設(shè)立將軍，統(tǒng)轄漠北蒙古。

　　后來(lái)，噶爾丹的侄兒策妄阿那布坦攻占西藏。公元1720年，康熙帝又派兵遠(yuǎn)征西藏，驅(qū)逐了策妄阿那布坦，護(hù)送賴(lài)?yán)�嘛六世進(jìn)藏。以后，清政府又在拉薩設(shè)置駐藏大臣，代表中央政府同賴(lài)、班禪共同管理西藏。